Babasının ölümü üzerine genç Nikolas’ın dayısı Genç Lucas Watzenrode (1447-1512),[5] Nikolas’ı kanatlarının altına aldı ve onun eğitim ve kariyer ihtiyaçlarını karşıladı. Watzenrode Polonya’nın önde gelen fikir adamlarıyla bağlantılar kurdu ve etkili İtalyan doğumlu hümanist ve Krakow saray mensubu olan Filippo Buonaccorsi’nin arkadaşıydı.
Kopernik’in çocukluğunun ve eğitiminin ilk yıllarına ait günümüze ulaşabilmiş hiçbir belge yoktur. Kopernik’in biyografisini yazan insanlar Watzenrode’un genç Kopernik’i ilk olarak Torun’da kendisinin de hoca olarak çalıştığı St. John okuluna gönderdiğini varsayarlar. Daha sonra Armitage’a göre, Nikolas Krakow üniversitesi için öğrencilerini hazırlayan ve Watzenrode’un da Polonya’nın başkentinde eğitim aldığı Torun’daki Vistül nehri üzerinde olan Wlocklawek’deki Katedral okuluna gitmiştir.
Kopernik’in Krakow çalışmaları ona üniversitedeki matematik ve astronomi bilgi birikiminde (aritmetik, geometri, geometrik optik, kozmografi teorik ve sayısal astronomi) kusursuz bir temel sağlamıştır ve iyi bir felsefe ve Aristoteles’in doğa bilimleri yazımları (De coelo, Metafizik) hakkında bilgi sağlamıştır. Onun öğrenme merakını uyarmıştır ve onu insancıl kültürüyle bilinen biri haline getirmiştir. Kopernik Krakow yıllarında elde ettiği bağımsız kitap okumalarıyla (Euclid, Haly Abenragel, Alfonsine Tabloları, Johannes Regiomantanus’un Tabulae Directionum’u) ve üniversite salonlarından aldığı derslerle bilgi birikimini genişletti. Bu döneme kadar muhtemelen ilk bilimsel notlarını da tarihlendirdi, şu an bir kısmı Uppsala Üniversitesinde korunuyor. Krakow’da Kopernik astronomi üzerine büyük bir kütüphane toplamaya başladı. Bu kütüphane daha sonra savaş ganimeti olarak 1650’lerde Deluge sırasında İsveçliler tarafından kazanıldı ve şu an Uppsala üniversitesi kütüphanesindedir.
Kopernik’in Krakow’daki 4 yılı onun eleştirel becerisinin gelişiminde önemli bir rol oynadı ve astronominin 2 en popüler sistemindeki mantıksal çelişkilerin analizine önayak oldu-Aristoteles’in Eş merkezli küreler teorisi ve Ptolemy’nin dış merkezliler ve dış çemberler mekanizması- üstesinden gelmek ve kurtulmak Kopernik’in kendi evren yapısı doktrininin oluşumundaki ilk basamağı oluşturdu.
Güneş Merkezlilik
1514’ten bir süre önce Kopernik “Commentariolus”u arkadaşlarına sundu. Yedi adet temel prensibi içeriyordu.
Daha sonra daha detaylı çalışması için veri toplamaya devam etti. 1532 civarı Kopernik De revolutionibus orbium coelestium’daki çalışmasını ana hatlarıyla tamamladı, fakat arkadaşlarının ısrarlarına rağmen fikirlerini açık bir şekilde ifade etmekten hor görülme riskine karşı çekiniyordu.
1533 yılında Johann Albrecht Widmannstetter Roma’da Kopernik’in teorisinin girişini anlatan bir dizi ders verdi. Papa 7. Clement ve birkaç Katolik kardinal dersleri duydular ve teoriyle ilgilendiler. 1 Kasım 1536’da Capua’nın başpiskoposu kardinal Nikolaus von Schönberg Kopernik’e Roma’dan şunu yazdı: “Birkaç yıl önce senin yeterliliğine ilişkin bir kelime bana ulaştı, herkes sürekli konuşuyordu. O sırada sana yüksek saygı duymaya başladım… Öğrendiğime göre sen yalnızca eski astronomların keşiflerini olağanüstü bir şekilde iyi bilmemiş aynı zamanda yeni bir kozmolojiyi formüle dökmüşsün. İddia ettiğine göre dünya hareket ediyor güneş evrenin merkezinde küçük bir yer kaplıyormuş… Bu nedenle büyük bir istekle sana yalvarırım, bilgili efendim, eğer zahmet olmayacaksa, bu keşfinizi evren küresi hakkındaki yazılarınızı tablolar ve bu konuyla alakalı her şeyle birlikte bana gönderdiğiniz mümkün olan en kısa zamanda âlimlere bildirmek isterim…”
O zamana kadar Kopernik’in çalışması nihai formuna ulaşıyordu ve teorisi hakkındaki dedikodular bütün Avrupa’daki eğitimli insanlara ulaşmıştı. Birçok makamın ısrarına rağmen Kopernik kitabının yayımlanmasını erteledi, muhtemelen eleştirilme korkusu yüzünden. Âlimler Kopernik’in kaygısının ihtimal dâhilindeki astronomik ve felsefik itirazlarla sınırlı kaldığına veya dini itirazlar hakkında da kaygı duyduğuna katılmıyorlardı.
